Die Exzellenzinitiative von Bund und Ländern hat ein großes Medienecho hervorgerufen. Im öffentlichen Diskurs schmücken sich geförderte Universitäten selbst mit inoffiziellen Titeln wie „Eliteuniversität“ und „Exzellenzuniversität“, um sich von nicht geförderten Universitäten abzuheben. Das hohe Interesse der Medien, das sich in einer ausführlichen Berichterstattung niederschlägt, verschafft den Siegern Bekanntheit und Wertschätzung, sodass die Exzellenzinitiative auch ein Wettbewerb um Reputation ist.
Die symbolische Tragweite der Auswahl setzt den Entscheidungsfindungsprozess wissenschaftsintern und -extern unter hohen Legitimationsdruck. Seitens der Wissenschaft wird im Auswahlverfahren zur Exzellenzinitiative besonders Wert auf ein gegenüber der Politik unabhängiges Verfahren gelegt: das Peer Review. Doch entgegen der öffentlichen Erwartung an einen durch Wissenschaftlichkeit geprägten Entscheidungsprozess sind Entscheidungen im Rahmen des Peer Review keineswegs eindeutig, sondern angreifbar und fragil.